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MNSMAR / GenOO-1.5.2 / lib / GenOO / Junction.pm 

            

              
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# POD documentation - main docs before the code
=head1 NAME
GenOO::Junction - A junction (eg exon-exon) object with features
=head1 SYNOPSIS
    # This class represents the connection of two genomic regions in its
    # simplest form. It basically only contains the connecting genomic positions
     
    # To instantiate
    my $junction = GenOO::Junction->new(
        species      => undef,
        strand       => undef,
        chromosome   => undef,
        start        => undef,
        stop         => undef,
    });
=head1 DESCRIPTION
    The GenOO::Junction class descibes a genomic junction.
=head1 EXAMPLES
    my $junction = GenOO::Junction->new(
        species     => transcript->species,
        strand      => transcript->strand,
        chromosome  => transcript->chromosome,
        start       => exon1->stop,
        stop        => exon2->start,
    );
=cut
# Let the code begin...
package GenOO::Junction;
$GenOO::Junction::VERSION = '1.5.2';
#######################################################################
#######################   Load External modules   #####################
#######################################################################
use Moose;
use namespace::autoclean;
#######################################################################
###########################   Inheritance   ###########################
#######################################################################
extends 'GenOO::GenomicRegion';
#######################################################################
#######################   Interface attributes   ######################
#######################################################################
has 'part_of' => (
        is       => 'rw',
        weak_ref => 1
);
#######################################################################
############################   Filanize   #############################
#######################################################################
__PACKAGE__->meta->make_immutable;
1;