Bio-Chado-Schema

Changes for version 0.07000 - 2010-11-04

Fix bug with Cvterm add_secondary_dbxref, only caught under DBIx::Class >= 0.08124
add convenience methods for creating stock_dbxrefprops, nd_experimentprops, projectprops, and geolocationprops
add methods for working with parent and child terms of cvterms
Convert t/lib/BCSTest.pm to Bio::Chado::Schema::Test so other CPAN modules can have test suites that use an automagically-created SQLite db

Documentation

Bio::Chado::Schema::CellLine

Bio::Chado::Schema::Companalysis

Bio::Chado::Schema::Composite

Bio::Chado::Schema::Contact

Bio::Chado::Schema::Cv

Bio::Chado::Schema::Expression

Bio::Chado::Schema::General

Bio::Chado::Schema::Genetic

Bio::Chado::Schema::Library

Bio::Chado::Schema::Mage

Bio::Chado::Schema::Map

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity

Bio::Chado::Schema::Organism

Bio::Chado::Schema::Phenotype

Bio::Chado::Schema::Phylogeny

Bio::Chado::Schema::Project

Bio::Chado::Schema::Pub

Bio::Chado::Schema::Sequence

Bio::Chado::Schema::Stock

Bio::Chado::Schema::Util

update_dbic_dump.pl

developer-only maintenance script to sync this DBIx::Class object layer with the latest upstream version of Chado

Modules

Bio::Chado::Schema

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLine

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineCvterm

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineCvtermprop

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineDbxref

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineFeature

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineLibrary

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLinePub

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineRelationship

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineSynonym

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLineprop

Bio::Chado::Schema::CellLine::CellLinepropPub

Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysis

Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisfeature

Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisfeatureprop

Bio::Chado::Schema::Companalysis::Analysisprop

Bio::Chado::Schema::Composite::AllFeatureNames

Bio::Chado::Schema::Composite::Dfeatureloc

Bio::Chado::Schema::Composite::FLoc

Bio::Chado::Schema::Composite::FType

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureContains

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDifference

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDisjoint

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureDistance

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureIntersection

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureMeets

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureMeetsOnSameStrand

Bio::Chado::Schema::Composite::FeatureUnion

Bio::Chado::Schema::Composite::FeaturesetMeets

Bio::Chado::Schema::Composite::FnrType

Bio::Chado::Schema::Composite::FpKey

Bio::Chado::Schema::Composite::Gff3atts

Bio::Chado::Schema::Composite::Gff3view

Bio::Chado::Schema::Composite::Gffatts

Bio::Chado::Schema::Contact::Contact

Bio::Chado::Schema::Contact::ContactRelationship

Bio::Chado::Schema::Cv::CommonAncestorCvterm

Bio::Chado::Schema::Cv::CommonDescendantCvterm

Bio::Chado::Schema::Cv::Cv

Bio::Chado::Schema::Cv::CvCvtermCount

Bio::Chado::Schema::Cv::CvCvtermCountWithObs

Bio::Chado::Schema::Cv::CvLeaf

Bio::Chado::Schema::Cv::CvLinkCount

Bio::Chado::Schema::Cv::CvPathCount

Bio::Chado::Schema::Cv::CvRoot

Bio::Chado::Schema::Cv::Cvterm

Bio::Chado::Schema::Cv::CvtermDbxref

Bio::Chado::Schema::Cv::CvtermRelationship

Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermpath

Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermprop

Bio::Chado::Schema::Cv::Cvtermsynonym

Bio::Chado::Schema::Cv::Dbxrefprop

Bio::Chado::Schema::Cv::StatsPathsToRoot

Bio::Chado::Schema::Expression::Eimage

Bio::Chado::Schema::Expression::Expression

Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionCvterm

Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionCvtermprop

Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionImage

Bio::Chado::Schema::Expression::ExpressionPub

Bio::Chado::Schema::Expression::Expressionprop

Bio::Chado::Schema::Expression::FeatureExpression

Bio::Chado::Schema::Expression::FeatureExpressionprop

Bio::Chado::Schema::General::Db

Bio::Chado::Schema::General::DbDbxrefCount

Bio::Chado::Schema::General::Dbxref

Bio::Chado::Schema::General::Tableinfo

Bio::Chado::Schema::Genetic::Environment

Bio::Chado::Schema::Genetic::EnvironmentCvterm

Bio::Chado::Schema::Genetic::FeatureGenotype

Bio::Chado::Schema::Genetic::Genotype

Bio::Chado::Schema::Genetic::Phendesc

Bio::Chado::Schema::Genetic::PhenotypeComparison

Bio::Chado::Schema::Genetic::PhenotypeComparisonCvterm

Bio::Chado::Schema::Genetic::Phenstatement

Bio::Chado::Schema::Library::Library

Bio::Chado::Schema::Library::LibraryCvterm

Bio::Chado::Schema::Library::LibraryDbxref

Bio::Chado::Schema::Library::LibraryFeature

Bio::Chado::Schema::Library::LibraryPub

Bio::Chado::Schema::Library::LibrarySynonym

Bio::Chado::Schema::Library::Libraryprop

Bio::Chado::Schema::Library::LibrarypropPub

Bio::Chado::Schema::Mage::Acquisition

Bio::Chado::Schema::Mage::AcquisitionRelationship

Bio::Chado::Schema::Mage::Acquisitionprop

Bio::Chado::Schema::Mage::Arraydesign

Bio::Chado::Schema::Mage::Arraydesignprop

Bio::Chado::Schema::Mage::Assay

Bio::Chado::Schema::Mage::AssayBiomaterial

Bio::Chado::Schema::Mage::AssayProject

Bio::Chado::Schema::Mage::Assayprop

Bio::Chado::Schema::Mage::Biomaterial

Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialDbxref

Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialRelationship

Bio::Chado::Schema::Mage::BiomaterialTreatment

Bio::Chado::Schema::Mage::Biomaterialprop

Bio::Chado::Schema::Mage::Channel

Bio::Chado::Schema::Mage::Control

Bio::Chado::Schema::Mage::Element

Bio::Chado::Schema::Mage::ElementRelationship

Bio::Chado::Schema::Mage::Elementresult

Bio::Chado::Schema::Mage::ElementresultRelationship

Bio::Chado::Schema::Mage::Magedocumentation

Bio::Chado::Schema::Mage::Mageml

Bio::Chado::Schema::Mage::Protocol

Bio::Chado::Schema::Mage::Protocolparam

Bio::Chado::Schema::Mage::Quantification

Bio::Chado::Schema::Mage::QuantificationRelationship

Bio::Chado::Schema::Mage::Quantificationprop

Bio::Chado::Schema::Mage::Study

Bio::Chado::Schema::Mage::StudyAssay

Bio::Chado::Schema::Mage::Studydesign

Bio::Chado::Schema::Mage::Studydesignprop

Bio::Chado::Schema::Mage::Studyfactor

Bio::Chado::Schema::Mage::Studyfactorvalue

Bio::Chado::Schema::Mage::Studyprop

Bio::Chado::Schema::Mage::StudypropFeature

Bio::Chado::Schema::Mage::Treatment

Bio::Chado::Schema::Map::Featuremap

Bio::Chado::Schema::Map::FeaturemapPub

Bio::Chado::Schema::Map::Featurepos

Bio::Chado::Schema::Map::Featurerange

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperiment

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentContact

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentDbxref

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentGenotype

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentPhenotype

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentProject

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentProtocol

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentPub

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentStock

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentStockDbxref

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentStockprop

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdExperimentprop

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdGeolocation

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdGeolocationprop

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdProtocol

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdProtocolReagent

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdProtocolprop

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdReagent

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdReagentRelationship

Bio::Chado::Schema::NaturalDiversity::NdReagentprop

Bio::Chado::Schema::Organism::Organism

Bio::Chado::Schema::Organism::OrganismDbxref

Bio::Chado::Schema::Organism::Organismprop

Bio::Chado::Schema::Phenotype::FeaturePhenotype

Bio::Chado::Schema::Phenotype::Phenotype

Bio::Chado::Schema::Phenotype::PhenotypeCvterm

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylonode

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeDbxref

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeOrganism

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodePub

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylonodeRelationship

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylonodeprop

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::Phylotree

Bio::Chado::Schema::Phylogeny::PhylotreePub

Bio::Chado::Schema::Project::Project

Bio::Chado::Schema::Project::ProjectContact

Bio::Chado::Schema::Project::ProjectPub

Bio::Chado::Schema::Project::ProjectRelationship

Bio::Chado::Schema::Project::Projectprop

Bio::Chado::Schema::Pub::Pub

Bio::Chado::Schema::Pub::PubDbxref

Bio::Chado::Schema::Pub::PubRelationship

Bio::Chado::Schema::Pub::Pubauthor

Bio::Chado::Schema::Pub::Pubprop

Bio::Chado::Schema::Sequence::Cvtermsynonym

Bio::Chado::Schema::Sequence::Feature

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvterm

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermDbxref

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermPub

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureCvtermprop

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureDbxref

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturePub

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturePubprop

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationship

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshipPub

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshipprop

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureRelationshippropPub

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeatureSynonym

Bio::Chado::Schema::Sequence::Featureloc

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturelocPub

Bio::Chado::Schema::Sequence::Featureprop

Bio::Chado::Schema::Sequence::FeaturepropPub

Bio::Chado::Schema::Sequence::IntronCombinedView

Bio::Chado::Schema::Sequence::IntronlocView

Bio::Chado::Schema::Sequence::ProteinCodingGene

Bio::Chado::Schema::Sequence::Synonym

Bio::Chado::Schema::Sequence::TypeFeatureCount

Bio::Chado::Schema::Stock::Stock

Bio::Chado::Schema::Stock::StockCvterm

Bio::Chado::Schema::Stock::StockDbxref

Bio::Chado::Schema::Stock::StockDbxrefprop

Bio::Chado::Schema::Stock::StockGenotype

Bio::Chado::Schema::Stock::StockPub

Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationship

Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationshipCvterm

Bio::Chado::Schema::Stock::StockRelationshipPub

Bio::Chado::Schema::Stock::Stockcollection

Bio::Chado::Schema::Stock::StockcollectionStock

Bio::Chado::Schema::Stock::Stockcollectionprop

Bio::Chado::Schema::Stock::Stockprop

Bio::Chado::Schema::Stock::StockpropPub

Provides

Bio::Chado::Schema::Cv::Cvterm::ResultSet

in lib/Bio/Chado/Schema/Cv/Cvterm.pm

Bio::Chado::Schema::Test

in lib/Bio/Chado/Schema.pm

Bio::Chado::Schema::Util

in lib/Bio/Chado/Schema.pm

Other files

To install Bio::Chado::Schema, copy and paste the appropriate command in to your terminal.

cpanm

cpanm Bio::Chado::Schema

CPAN shell

perl -MCPAN -e shell
install Bio::Chado::Schema

For more information on module installation, please visit the detailed CPAN module installation guide.

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	Search terms
module: (e.g. module:Plugin)
distribution: (e.g. distribution:Dancer auth)
author: (e.g. author:SONGMU Redis)
version: (e.g. version:1.00)

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Modules

Provides

Other files

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