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Bio-Chado-Schema-0.20000
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  • 06 Jul 2012 19:06:31 UTC
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Changes for version 0.20000 - 2012-07-06

  • added Bio::Chado::NaturalDiversity::Reports, which has some canned reporting functions for working with natural diversity data (nmenda)
  • added greate_genotypeprops to Genetic::Genotype (nmenda)
  • added stock_phenotypes_rs, recursive_phenotypes_rs, stock_genotypes_rs, and stock_project_phenotypes to Stock::Stock (nmenda)

Documentation

Bio::Chado::Schema::Result::CellLine
For describing cell lines
Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis
Augments sequence module with descriptions of computational analyses and features resulting from those analyses
Bio::Chado::Schema::Result::Composite
A collection of bridge codes that have multiple dependancies so they don't happily go where is most obvious
Bio::Chado::Schema::Result::Contact
model persons, institutes, groups, organizations, etc
Bio::Chado::Schema::Result::Cv
Controlled vocabularies and ontologies
Bio::Chado::Schema::Result::Expression
transcript or protein expression data
Bio::Chado::Schema::Result::General
General purpose tables, including dbxrefs
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic
Genotypes and mutant alleles
Bio::Chado::Schema::Result::Library
For describing molecular libraries
Bio::Chado::Schema::Result::Mage
Alternative expression module, based on MAGE model
Bio::Chado::Schema::Result::Map
Non-sequence maps: genetic, radiation hybrid, cytogenetic, etc
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity
Natural diversity module for dealing with populations, samples, genotypes, phenotypes and results of other assays.
Bio::Chado::Schema::Result::Organism
Species data - does not include phylogeny
Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype
Entity-attribute-value phenotypic character descriptions
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny
For representing phylogenetic trees; the trees represent the phylogeny of some some kind of sequence feature (mainly proteins) or actual organism taxonomy trees
Bio::Chado::Schema::Result::Project
The project table has been moved from general to its own module and has been expanded to provide properties, publications and contacts.
Bio::Chado::Schema::Result::Pub
Bibliographic data on publications
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence
Sequence and sequence features, their localization and properties
Bio::Chado::Schema::Result::Stock
For tracking stock collections
update_dbic_dump.pl
developer-only maintenance script to sync this DBIx::Class object layer with the latest upstream version of Chado

Modules

Bio::Chado::NaturalDiversity::Reports
Bio::Chado::Schema
A standard DBIx::Class layer for the Chado database schema.
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLine
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineCvtermprop
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineDbxref
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineFeature
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineLibrary
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLinePub
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineSynonym
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLineprop
Bio::Chado::Schema::Result::CellLine::CellLinepropPub
Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysis
Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysisfeature
Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysisfeatureprop
Bio::Chado::Schema::Result::Companalysis::Analysisprop
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::AllFeatureNames
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Dfeatureloc
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FLoc
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FType
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureContains
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureDifference
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureDisjoint
featurelocs do not meet. symmetric
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureDistance
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureIntersection
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureMeets
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureMeetsOnSameStrand
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeatureUnion
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FeaturesetMeets
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FnrType
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::FpKey
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Gff3atts
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Gff3view
Bio::Chado::Schema::Result::Composite::Gffatts
Bio::Chado::Schema::Result::Contact::Contact
Model persons, institutes, groups, organizations, etc.
Bio::Chado::Schema::Result::Contact::ContactRelationship
Model relationships between contacts
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Chadoprop
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CommonAncestorCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CommonDescendantCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cv
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvCvtermCount
per-cv terms counts (excludes obsoletes)
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvCvtermCountWithObs
per-cv terms counts (includes obsoletes)
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvLeaf
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvLinkCount
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvPathCount
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvRoot
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvprop
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvtermDbxref
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::CvtermRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvtermpath
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvtermprop
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvtermsynonym
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Dbxrefprop
Bio::Chado::Schema::Result::Cv::StatsPathsToRoot
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::Eimage
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::Expression
The expression table is essentially a bridge table.
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionCvtermprop
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionImage
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::ExpressionPub
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::Expressionprop
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::FeatureExpression
Bio::Chado::Schema::Result::Expression::FeatureExpressionprop
Bio::Chado::Schema::Result::General::Db
Bio::Chado::Schema::Result::General::DbDbxrefCount
per-db dbxref counts
Bio::Chado::Schema::Result::General::Dbxref
Bio::Chado::Schema::Result::General::Tableinfo
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Environment
The environmental component of a phenotype description.
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::EnvironmentCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::FeatureGenotype
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Genotype
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Genotypeprop
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Phendesc
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::PhenotypeComparison
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::PhenotypeComparisonCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Genetic::Phenstatement
Bio::Chado::Schema::Result::Library::Library
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryDbxref
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryFeature
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibraryPub
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibrarySynonym
Bio::Chado::Schema::Result::Library::Libraryprop
Bio::Chado::Schema::Result::Library::LibrarypropPub
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Acquisition
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::AcquisitionRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Acquisitionprop
Parameters associated with image acquisition.
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Arraydesign
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Arraydesignprop
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Assay
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::AssayBiomaterial
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::AssayProject
Link assays to projects.
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Assayprop
Extra assay properties that are not accounted for in assay.
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Biomaterial
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::BiomaterialDbxref
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::BiomaterialRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::BiomaterialTreatment
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Biomaterialprop
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Channel
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Control
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Element
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::ElementRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Elementresult
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::ElementresultRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Magedocumentation
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Mageml
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Protocol
Procedural notes on how data was prepared and processed.
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Protocolparam
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Quantification
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::QuantificationRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Quantificationprop
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Study
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::StudyAssay
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studydesign
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studydesignprop
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studyfactor
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studyfactorvalue
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Studyprop
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::StudypropFeature
Bio::Chado::Schema::Result::Mage::Treatment
Bio::Chado::Schema::Result::Map::Featuremap
Bio::Chado::Schema::Result::Map::FeaturemapPub
Bio::Chado::Schema::Result::Map::Featurepos
Bio::Chado::Schema::Result::Map::Featurerange
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperiment
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentContact
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentDbxref
Cross-reference experiment to accessions, images, etc
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentGenotype
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentPhenotype
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentProject
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentProtocol
Linking table: experiments to the protocols they involve.
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentPub
Linking nd_experiment(s) to publication(s)
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentStock
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentStockDbxref
Cross-reference experiment_stock to accessions, images, etc
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentStockprop
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdExperimentprop
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdGeolocation
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdGeolocationprop
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdProtocol
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdProtocolReagent
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdProtocolprop
Property/value associations for protocol.
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdReagent
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdReagentRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::NaturalDiversity::NdReagentprop
Bio::Chado::Schema::Result::Organism::Organism
Bio::Chado::Schema::Result::Organism::OrganismDbxref
Bio::Chado::Schema::Result::Organism::Organismprop
Tag-value properties - follows standard chado model.
Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::FeaturePhenotype
Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::Phenotype
Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::PhenotypeCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Phenotype::Phenotypeprop
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::Phylonode
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodeDbxref
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodeOrganism
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodePub
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylonodeRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::Phylonodeprop
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::Phylotree
Global anchor for phylogenetic tree.
Bio::Chado::Schema::Result::Phylogeny::PhylotreePub
Bio::Chado::Schema::Result::Project::Project
Standard Chado flexible property table for projects.
Bio::Chado::Schema::Result::Project::ProjectContact
Linking table for associating projects and contacts.
Bio::Chado::Schema::Result::Project::ProjectPub
Linking table for associating projects and publications.
Bio::Chado::Schema::Result::Project::ProjectRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Project::Projectprop
Bio::Chado::Schema::Result::Pub::Pub
Bio::Chado::Schema::Result::Pub::PubDbxref
Bio::Chado::Schema::Result::Pub::PubRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Pub::Pubauthor
Bio::Chado::Schema::Result::Pub::Pubprop
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Feature
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvtermDbxref
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvtermPub
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureCvtermprop
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureDbxref
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturePub
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturePubprop
Property or attribute of a feature_pub link.
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationshipPub
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationshipprop
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureRelationshippropPub
Provenance for feature_relationshipprop.
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeatureSynonym
Linking table between feature and synonym.
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Featureloc
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturelocPub
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Featureprop
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::FeaturepropPub
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::IntronCombinedView
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::IntronlocView
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::ProteinCodingGene
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Synonym
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::TypeFeatureCount
per-feature-type feature counts
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stock
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockCvtermprop
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockDbxref
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockDbxrefprop
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockGenotype
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockPub
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockRelationship
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockRelationshipCvterm
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockRelationshipPub
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stockcollection
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockcollectionStock
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stockcollectionprop
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stockprop
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::StockpropPub
Bio::Chado::Schema::Test
Library to be used by Bio::Chado::Schema test scripts.
Bio::Chado::Schema::Util
utility functions shared by Bio::Chado::Schema objects

Provides

Bio::Chado::Schema::Result::Cv::Cvterm::ResultSet
in lib/Bio/Chado/Schema/Result/Cv/Cvterm.pm
Bio::Chado::Schema::Result::Sequence::Cvtermsynonym
in lib/Bio/Chado/Schema/Result/Sequence/Cvtermsynonym.pm
Bio::Chado::Schema::Result::Stock::Stock::ResultSet
in lib/Bio/Chado/Schema/Result/Stock/Stock.pm

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